العلم الإلهي وهو كله في كتابه فيما بعد الطبيعة والعلم الإلهي ينقسم إلى ثلاثة أجزاء : أحدها : يفحص فيه عن الموجودات والأشياء التي تعرض لها بما هي موجودات . والثاني : يفحص فيه عن مبادئ البراهين في العلوم النظرية الجزئية ، وهي التي ينفرد كل علم منها بالنظر في موجود خاص ، مثل المنطق والهندسة والعدد وباقي العلوم الجزئية الأخرى التي تشاكل هذه العلوم : فيفحص عن مبادئ علم المنطق ، ومبادئ علوم التعاليم ، ومبادئ العلم الطبيعي ، ويلتمس تصحيحها وتعريف جواهرها وخواصها ، ويحصي الظنون الفاسدة التي كانت وقعت للقدماء في مبادئ هذه العلوم ، مثل ظن من ظن في النقطة والوحدة والخطوط والسطوح أنها جواهر وأنها مفارقة والظنون التي تشاكل هذه في مبادئ سائر العلوم ، فيقبحها ويبين أنها فاسدة . والجزء الثالث يفحص فيه عن الموجودات التي ليست بأجسام ولا في أجسام : فيفحص عنها أولا هل هي موجودة أم لا ، ويبرهن أنها موجودة ، ثم يفحص عنها هل هي كثيرة أم لا ، فيبين أنها كثيرة ؛ ثم يفحص عنها هل هي متناهية أم لا ، فيبرهن أنها متناهية ؛ ثم يفحص هل مراتبها في الكمال واحدة أم مراتبها متفاضلة ، فيبرهن أنها متفاضلة في الكمال ، ثم يبرهن أنها على كثرتها ترتقي من عند أنقصها إلى الأكمل فالأكمل ، إلى أن تنتهي في آخر ذلك إلى كامل ما لا يمكن أن يكون شيء هو أكمل منه ، ولا يمكن أن يكون شيء هو أصلا في مثل مرتبة وجوده ولا نظير له ولا ضد ، وإلى أول لا يمكن أن يكون قبله أول ، وإلى متقدم لا يمكن أن يكون شيء أقدم منه ، وإلى موجود لا يمكن أن يكون استفاد وجوده عن شيء أصلا ، وأن ذلك الواحد هو الأول والمتقدم على الإطلاق وحده .